Bidden: de altaren
Terwijl de voorstellingen van mannelijke en vrouwelijke heiligen op de plafonds van het schip ter ondersteuning van de devotie dienen, richten andere focuspunten zich op de gebeden van de gelovigen, te beginnen met het hoofdaltaar en de secundaire altaren. De iconografie van het hoofdaltaar verwijst doorgaans naar de heiligen aan wie de kerk is gewijd, die van de secundaire altaren naar de geschiedenis van Christus en Maria en naar de meest exemplarische figuren van het christendom, zoals martelaars of de belangrijkste jezuïetenheiligen die aan de gelovigen en novicen worden voorgesteld als na te volgen voorbeelden.
In Antwerpen bevinden de secundaire altaren zich aan het einde van de zijbeuken, in de absiden waar ze aan weerszijden van het hoofdaltaar staan opgesteld. De altaren op de gelijkvloerse verdieping zijn gewijd aan Sint-Jozef (in het zuiden) en Franciscus Xaverius (in het noorden), terwijl de later toegevoegde altaren in de galerij gewijd zijn aan Aloysius Gonzaga (in het zuiden) en Sint-Hubertus (in het noorden).
Het aan Sint-Jozef gewijd altaar toont drie scènes uit het leven van Christus waar Jozef voorgesteld wordt als de beschermer van de Heilige Familie: in het midden een aardse drie-eenheid van Rubens, en in de nissen twee kleine marmerschilderingen van Hendrik van Balen met als thema de Vlucht naar Égypte en de Heilige Familie met de heilige Johannes de Doper. De verering van Jozef werd in de 17de eeuw door de jezuïeten sterk aangemoedigd door middel van het thema van de aardse Drie-eenheid dat de gelovigen bij het beoefenen van de christelijke moraal een model bood dat hen nabij stond, namelijk dat van de aardse familie.
Niet alleen de altaren, maar ook de zijkapellen waren een plek voor bijzondere devotie. Hoewel deze kapellen verbonden zijn aan de kerk omdat ze te bereiken zijn vanuit het middenschip, hebben zij een eigen altaar en staan ze liturgisch op zichzelf. Zoals gebruikelijk in jezuïetenkerken zijn in de Sint-Carolus-Borromeuskerk de twee zijkapellen gewijd aan Maria en Sint-Ignatius. In de Onze-Lieve-Vrouwekapel is het hele iconografisch programma opgebouwd rond een kopie van het miraculeuze Mariabeeld van Scherpenheuvel dat devotie en gebeden van gelovigen aantrok. In de Sint-Ignatiuskapel stellen het marmeren altaarstuk en de marmerschilderringen episodes uit het leven van de heilige voor.
De Goddelijke Namen IHS ent MR zijn eveneens gerelateerd aan devotionele praktijken als zijnde objecten waartoe de gelovigen hun gebeden konden richten. Het uitspreken van deze namen was beladen met bijzondere profylactische of apotropaeïsche krachten (genezing, verlossing van de demon, etc.). Men vindt deze goddelijke namen dan ook verspreid over de hele kerk terug (Rubens’ plafondschilderingen, plafonds van de zijkapellen en de sacristie, enz.). Het IHS-trigram dat zowel verwijst naar de naam van Jezus als naar de Sociëteit – die het als symbool hanteert – prijkt monumentaal in het midden van de voorgevel op een oppervlak dat oorspronkelijk moet geblonken hebben als een spiegel. Onder het monogram symboliseren de drie nagels waarmee Jezus aan het kruis werd genageld de lijdende Christus. De Goddelijke Naam – waarvan de weergave staat voor degene die het aanduidt – wordt aanbeden door de engelen in het Paradijs die het optillen naar een kroon als een belofte van verlossing.
De gelovigen die wensten te bidden voor hun eigen verlossing en te mediteren over Christus’ lijden voor het heil van de mensheid, konden zich richten tot de lambriseringen op de eerste verdieping die thema’s tonen uit het openbare leven van Christus (in het zuiden) en zijn passie (in het noorden), terwijl de medaillons onder het doksaal de werken van barmhartigheid illustreren.