De bouw van de kerk maakte deel uit van een uitgebreid programma ter herstel van de tijdens de beeldenstorm flink uitgeholde katholieke identiteit in Antwerpen. De jezuïeten speelden vanaf 1585 met de terugkeer van het katholicisme onder het bewind van Alexander Farnese een hoofdrol in het herstel van het katholicisme door middel van verschillende initiatieven. De oprichting van sodaliteiten (congregaties van studenten en mannelijke burgers gericht op devotie), de zeer symbolische vervanging in het stadhuis van het standbeeld van Brabo (embleem van Antwerpen) door een Mariabeeld, en de oprichting van het professenhuis in Antwerpen (de gemeenschappelijke residentie van jezuïetenpriesters en de administratieve zetel van de provincie van de orde) waren enkele van de belangrijkste initiatieven van de jezuïeten die bijdroegen aan de verkondiging van de terugkeer van het katholieke geloof in de publieke ruimte. Naast het imposante college dat de jezuïeten reeds hadden, werd het in 1612 in Antwerpen opgerichte professenhuis al snel het belangrijkste centrum van de orde in de Zuidelijke Nederlanden.
Maar het is ongetwijfeld vooral de bouw van hun kerk, begonnen in 1615 en ingewijd op 21 september 1621, die het best uitdrukking geeft aan de triomf van de heropleving van het katholieke geloof in Antwerpen. In weerklank op het stadhuis werd de kerk gewijd aan de Onze-Lieve-Vrouw en aan de ordestichter Sint-Ignatius. Het was zelfs de eerste kerk ter wereld die naar hem werd genoemd, nog voor zijn heiligverklaring op 22 mei 1622. De barokke kerk werd gebouwd onder leiding van de jezuïeten Franciscus d’Aguilon (overleden in 1617) en Pieter Huyssens, maar ook met de essentiële bijdrage van Rubens – waaraan veel wetenschappelijke literatuur is gewijd – en brak met alles wat er in de Nederlanden tot dan toe was gebouwd.
Ze viel op door haar nieuwigheid, een mengeling van Italiaanse stijl en paleochristelijke verwijzingen, geïnterpreteerd vanuit de gevoeligheid van Vlaamse kunstenaars. De kerk, die reeds vanaf haar bouw ‘de marmeren tempel’ werd genoemd, is ongetwijfeld een van de weelderigste kerken uit de 17de eeuw ten noorden van de Alpen. Ondanks aanzienlijke schenkingen van koning Filips IV van Spanje, de aartshertogen Albrecht en Isabella, de Antwerpse magistraat en talrijke Antwerpse leken, was dit ambitieuze project zo geldverslindend dat schenkingen niet meer volstonden en de bouw van de kerk het Antwerpse professenhuis ruïneerde.
Zozeer zelfs dat terwijl de werkzaamheden in het kerkinterieur nog volop aan de gang waren met de bouw van somptueuze zijkapellen, de generaal-overste van de orde in Rome, Muzio Vitelleschi, uiteindelijk in 1625 zowel Jacobus Tirinius, prior van het professenhuis, als diens architect Pieter Huyssens ontsloeg met als argument dat het tentoonspreiden van pracht en weelde in kerken in strijd was met de door Rome verdedigde jezuïetenethiek.
Achter de Italiaans geïnspireerde voorgevel – waarvan de rijke gebeeldhouwde decoratie de verheerlijking van Maria en Ignatius tot thema heeft – beschikt de kerk over een driedelig grondplan met longitudinale aanleg dat eindigt in halfrond uitgevoerde absiden. Het brede en helder verlichte schip wordt geflankeerd door zijbeuken met biechtstoelen en galerijen die toegankelijk moeten zijn geweest voor een beperkt aantal gelovigen (collegestudenten, Mariale sodaliteiten, aartshertogen). Het schip dat een rechtstreeks zicht biedt op het koor met zijn imposant altaarstuk is opgebouwd volgens een organisatie die aansluit bij de post-tridentijnse geboden en de pastorale en liturgische handelingen van de jezuïeten (gericht op prediking, communie en biecht). Twee zijkapellen grenzen aan de noordelijke en zuidelijke zijbeuken en vormen onafhankelijke ensembles. In de ene kapel – die gebouwd is tussen 1620-1622 en 1645 en gewijd is aan Maria –kan men Rubens’ bijdrage herkennen. De andere zijkapel werd gebouwd vanaf 1621 en is gewijd aan Sint-Ignatius.
Dat Rubens’ betrokkenheid bij het programma zo uitvoerig besproken is, komt ongetwijfeld omdat specialisten van oordeel zijn dat alleen hij in staat was om architectuur, schilderkunst en gebeeldhouwde decoratie te integreren tot een betekenisvol en coherent geheel. Er zijn van Rubens enkele ontwerptekeningen en schetsen voor diverse gebeeldhouwde ornamenten van de voorgevel, de Onze-Lieve-Vrouwekapel en het hoogaltaar bewaard, maar zijn belangrijkste bijdrage was ongetwijfeld de uitwerking van een grootscheeps programma, namelijk de illusionistisch geschilderde plafondstukken in Italiaanse stijl die de traveeën in de zijbeuken en de galerij stofferen, evenals de twee schilderijen op het hoogaltaar die de ordestichters Ignatius en Franciscus Xaverius voorstellen.
Op 18 juli 1718 werd de kerk door een brand verwoest. Een bliksemschicht trof de kerk, het dak vatte vuur en de zuilen van de middenbeuk stortten in. Hierbij werd de structuur van het schip en de met schilderijen van Rubens gestoffeerde zijbeuken vernield. Sommige delen bleven echter wonderbaarlijk genoeg bewaard en geven ons een idee van de oorspronkelijke pracht en praal van de kerk: het koor en de zijkapellen, de gevel en de oostelijke toren. We kennen het oorspronkelijke uiterlijk van de kerk door beschrijvingen en verschillende voorstellingen van het kerkinterieur – men telt op de dag van vandaag 48 interieurzichten wat getuigt van de fascinatie die, reeds vanaf de aanbouw, uitging van de kerk.
Wat Rubens’ plafond betreft hebben specialisten het programma kunnen reconstrueren dankzij oude beschrijvingen, bewaarde olieverfschetsen van Rubens en latere kopieën van Jacob de Wit (de eerste tekeningen werden rond 1711-1712 gemaakt, na de brand reproduceerde hij ze gedurende zijn hele carrière) en Christian Benjamin Müller (tekeningen gemaakt begin 1718, vlak voor de brand). De tekeningen en aquarellen van Jacob de Wit werden gereproduceerd in gravures van Jan Punt (van 1747 tot 1749), die van Müller door Johann Justin Preissler in Neurenberg in 1735. De Sint-Carolus Borromeuskerk bewaart ook een serie recentere aquarellen die in de 20ste eeuw werden gerealiseerd door een zekere mevrouw Deschamps en relatief getrouwe kopieën zijn van de aquarellen van Jacob de Wit.
De wederopbouw begon na 1720 onder leiding van Jan Pieter van Baurscheit die de biechtstoelen ontwierp alsook de lambrisering langs de zijbeuken met het leven van Sint-Ignatius en Sint-Franciscus Xaverius. We danken aan deze kunstenaar eveneens het binnenportaal met de theologische deugden, de predikstoel, de wandbetimmeringen met episodes uit het leven van Christus en het passieverhaal op de galerijverdieping, waarvan het geheel getuigt van een grote stilistische en iconografische samenhang.
Het iconografisch programma werd verrijkt door latere toevoegingen zoals de schilderijen met de apostelen die boven de biechtstoelen prijken, of de kruisweg in de galerij uit 1839. Tot slot dienen we de verschillende aan de kerk uitgevoerde restauratiecampagnes te vermelden, in het bijzonder de werkzaamheden aan de voorgevel in 1749, 1820, 1831-45, 1849-1864 en 1981-87.