Verticaal netwerk: het schip
De beelddistributie in het schip creëert een verticale polariteit (laag-hoog) die voor de gelovigen relatief ‘natuurlijk’ moet zijn geweest. De zijbeuken (op de benedenverdieping) en de met Rubens’ plafondschilderingen versierde galerijen (op de bovenverdieping), zijn verdeeld overeenkomstig een aards-spirituele polariteit. De bovenverdieping is gewijd aan de mysteries van de verlossing en toont Bijbelse episodes uit het leven van Christus en Maria afgewisseld met episodes uit het Oude Testament. Op de gelijkvloerse verdieping zien we een hagiografische cyclus met voorstellingen van heiligen (Griekse en Latijnse kerkleraren en maagdelijke martelaressen) uit het vroege christendom die vochten voor het geloof en/of bijdroegen aan de doctrines van het christendom. Op de bovenverdieping, het meest geestelijke niveau, zien we Bijbelverhalen, en op de benedenverdieping afbeeldingen van vrouwelijke en mannelijke heiligen die dichter bij de gelovigen staan. In dit verband moet worden opgemerkt dat hoewel de galerijen boven voorbehouden waren voor een beperkte groep gelovigen (zoals jezuïetenpaters, collegestudenten, leden van de sodaliteit, aartshertogen) de plafonds van deze bovenverdieping ook beneden zichtbaar moeten zijn geweest voor het gewone kerkvolk.
Deze polariteit hoog-laag/spiritueel-aards wordt nog eens extra benadrukt door het decor op de wanden van de zijbeuken. Terwijl de plafonds van de zijbeuken de eerste kerkheiligen afbeelden die voor de gelovigen meer op afstand stonden, zijn de wanden thans voorzien van lambriseringen uit het begin van de 18de eeuw – waarvan we het ontwerp aan Jan Pieter Van Baurscheit te danken hebben – die het verhaal vertellen van Ignatius en Franciscus Xaverius, heiligen die dichter bij de gelovigen stonden. In het licht van deze verticale polarisatie hoeft het niet te verbazen dat de lambrisering op de gelijkvloerse verdieping met het leven van Ignatius en Franciscus Xaverius op de bovenverdieping weerklank vindt in de scènes uit Christus’ openbare leven en het Passieverhaal, hetgeen later nog eens wordt geïntensifieerd door toevoeging van een kruisweg in het bovengedeelte.
Maar hoe zag het oorspronkelijk iconografisch programma van de zijbeuken eruit vóór de brand die het schip in 1718 verwoestte? Oude interieurzichten van het schip laten twee verschillende opstellingen zien. Op de eerste versie van de interieurafwerking in de zijbuiken, die dateert uit 1620-1630, zien we met frontons bekroonde biechtstoelen en lambriseringen waarboven landschapschilderijen in verschillende formaten met figuren gestoffeerd, wellicht heiligen, zoals het geval was in andere kerken van de Sociëteit. De tweede decoratiefase is zichtbaar in interieurzichten die dateren van na 1661. Deze tonen diepere biechtstoelen zonder overkapping met daarboven schilderijen met heiligen, omkaderd door voluten, guirlandes en engelen in wit en zwart marmer, en onderaan voorzien van een epigram in gouden letters. Deze epigrammen beginnen met ‘Corpus’, gevolgd door een naam die verwijst naar de uitgebeelde heilige. Het gaat om heiligen uit de catacomben wier relieken in de Sint-Ignatiuskerk opgeborgen lagen in de nissen achter de schilderijen. Zoals blijkt uit oude interieurzichten van de kerk werden deze relieknissen tijdens bepaalde festiviteiten geopend om het reliekschrijn onder de aandacht van de gelovigen te brengen. De gehistoriseerde landschappen hebben halverwege de eeuw dus wellicht moeten plaats ruimen voor nissen die plaats boden aan de zilveren reliekschrijnen met dubbele, door Antoon Goubau beschilderde deurtjes. De jezuïeten koesterden een bijzondere belangstelling voor de beenderen uit de catacomben die ze massaal vanuit Rome naar hun heiligdom brachten. Het programma in de zijbeuken dat als centraal thema de catacombenheiligen uit het begin van de christelijke jaartelling had sloot dus naadloos aan bij de plafonds van Rubens.