Transversaal netwerk: IHS en MR
Daarnaast tekent zich in de kerk een transversaal netwerk van verbanden af met noord-zuidrichting. Het gaat om de Onze-lieve-Vrouwekapel en de Sint-Ignatiuskapel die aan weerszijden van het schip tegenover elkaar liggen en in 1625 op Pinksterdag plechtig werden ingewijd. Beide kapellen werden overwegend gefinancierd met particuliere middelen. De drie dochters van Godfried Houtappel en hun nicht Anna s’ Grevens financierden de Onze-lieve-Vrouwekapel, Anna Mechelmens bekostigde de Sint-Ignatiuskapel. De opdrachtgevers waren ongetrouwde vrouwen die behoorden tot de ‘geestelijke dochters’, een beweging die sterk gepromoot werd door de jezuïeten en die vrouwen aanmoedigde om een vroom maar niet afgezonderd leven te leiden onder leiding van een ‘geestelijke vader’. Hoewel het privékapellen zijn staan ze open voor gelovigen die ze kunnen bereiken via het middenschip.
Het tweeledige thema Maria/Sint-Ignatius zien we vaak terug in de kerken van de Sociëteit, bijvoorbeeld in altaren die aan de uiteinden van de zijbeuken elkaars echo vormen, of in zijkapellen zoals het geval is in de kerk in Antwerpen. De verklaring hiervoor is dat Maria de patroonheilige van de orde is en Ignatius de ordestichter. De twee personages vormen elkaars tegenhanger als twee zijden van dezelfde munt. De binariteit Maria/Sint-Ignatius relateert aan de associatie van de naam Maria – MA of MRA voor MaRiA of Maria Regina Ave – met de naam Jezus – het IHS-trigram, een afkorting van IHesuS (geassocieerd met anagrammen zoals Iesus Hominum Salvator), tevens het embleem van de Jezuïetenorde. Aangezien de ordestichter Ignatius genoemd is naar Jezus’ naam werd hij vaak in verband gebracht met het trigram. Dat verklaart waarom zijn naam centraal op het gewelf van de Sint-Ignatiuskapel prijkt in een stralende zon, in weerklank op de naam van Maria die we eveneens in een stralenbundel centraal op het gewelf van de Onze-lieve-Vrouwekapel aantreffen, in navolging van de voor de goddelijke Namen gebruikelijke glorie-iconografie.
Het is evenmin toevallig dat op de plafondschilderingen die Rubens voor de zijbeuken ontwierp de stralende Namen van Maria en Jezus door engelen aanbeden in het midden van elke zijbeuk prijken. De Goddelijke Namen die in het midden van het schip tegenover elkaar stonden geplaatst, dienden te resoneren met de Onze-lieve-Vrouwekapel en de Sint-Ignatiuskapel – die zich eveneens in het midden van het schip bevonden – en moesten dus meteen zichtbaar zijn geweest voor de gelovige die de kapellen betrad.