Longitudinaal netwerk: de cycli van de lambriseringen
Sommige decoratieve cycli van de kerk vragen een progressieve lezing van de gelovige die zich in de lengterichting van het schip verplaatst, van de westzijde naar de oostzijde. In de zijbeuken betreffen het gebeeldhouwde reliëfs die de medaillons op de lambrisering tussen de biechtstoelen opluisteren en het leven uitbeelden van de twee ordestichters, Ignatius en Franciscus Xaverius. De cycli beginnen aan de westzijde, aan weerszijden van het toegangsportaal, waarbij de Sint-Ignatiuscyclus doorloopt tot in het koor in de zuidelijke zijbeuk (rechts), en die van Sint-Franciscus Xaverius aan de overkant, links van het portaal begint en in de noordelijke zijbeuk eindigt. De cycli vertellen elk in 21 taferelen en in chronologische volgorde de belangrijkste gebeurtenissen uit het leven van de twee heiligen en hun wonderen (met enkele inversies ten opzichte van het relaas van de heiligenlevens van Ignatius en Franciscus Xaverius).
Het leven van Ignatius wordt in de volgende taferelen uitgebeeld: Ignatius leest de heilige boeken nadat hij gewond is geraakt in Pamplona (Navarra); Ignatius schrijft zijn Geestelijke oefeningen in een grot in Manresa (Catalonië); De roeping van Ignatius; Ignatius verlaat zijn familie om naar de abdij van Montserrat te gaan; Ignatius geneest op wonderbaarlijke wijze een vrouw en zegent een knielende vrouw; Een vlam verschijnt tijdens de wijding boven het hoofd van Ignatius; Ignatius wordt door de engelen verheven dankzij zijn verbondenheid met God de Vader; God de Vader toont Jezus die het kruis draagt aan Ignatius; Een moordenaar wil Ignatius doden en engelen houden hem tegen; Ignatius’ wonderbaarlijke redding tijdens een hevige storm op zee bij Cyprus; In Noord-Italië wordt Ignatius valselijk beschuldigd een spion te zijn en wordt hij gearresteerd; Ignatius verlost een bezetene en jaagt drie demonen weg; Ignatius geneest pest- en syfilispatiënten in een Venetiaans hospitaal; Paulus Julius III ontvangt Ignatius en erkent de ‘Sociëteit van Jezus’ met de pauselijke bul Regimini militantis Ecclesiæ; Ignatius en Filippus Neri ontmoeten elkaar in Rome; Ignatius ontvangt Franciscus Borgia; Ignatius wordt omringd door zijn broers terwijl engelen zijn ziel naar de hemel tillen; De dood van Ignatius.
Wat Franciscus Xaverius betreft ontvouwen de taferelen in de richting van het koor zich als volgt: Ignatius stuurt Franciscus Xaverius als missionaris naar India; Franciscus Xaverius geneest zieken in een hospitaal in Venetië; Zelfgeseling van Franciscus Xaverius; Het gebed van Franciscus Xaverius redt een dienaar en zijn paard uit een kolkende rivier; Op Kaap Comorin (Zuid-India) deelt Franciscus Xaverius op wonderbaarlijke wijze aalmoezen uit aan schipbreukelingen; Franciscus Xaverius wordt achtervolgd door vijandige bewoners op het eiland More; Franciscus Xaverius jaagt vijandige bewoners weg van het schiereiland Comorin; Franciscus Xaverius brengt een storm tot bedaren tijdens de overtocht van Japan naar Malakka; Op het eiland Varenuela brengt een kreeft het verloren kruis van Xaverius terug; Franciscus Xaverius in gebed bijgestaan door twee engelen; Franciscus Xaverius volgt een Japanse ruiter op zijn reis van Yamaguchi naar Miyako; Franciscus Xaverius draagt een zieke man naar het hospitaal en een engel wijst hem de weg; Franciscus Xaverius geeft een catechismus aan de kinderen van het vissersdorp Cochin; Franciscus Xaverius schrijft een brief aan Ignatius; Franciscus Xaverius bezoekt de daimyo (Japanse landheer) van Bungo (provincie Kyushu); Franciscus Xaverius doopt de koning van de Malediven; Franciscus Xaverius verlost een bezetene; Franciscus Xaverius preekt in een vissersdorp en de mensen leren naar zijn woord te luisteren; Franciscus Xaverius wekt een dode tot leven in een kerk; De gezegende dood van Franciscus Xaverius.
De lambriseringcyclus op de bovenverdieping is vervaardigd door dezelfde werkplaats als die van de zijbeuken en toont –weliswaar in eenvoudigere vorm – hetzelfde vormenrepertoire waardoor het ensemble een stilistisch coherent geheel vormt. Tijdens zijn rondgang door de galerijen openbaart zich aan de gelovige narratieve scènes uit Christus’ openbare leven (in het zuiden) en de passie (in het noorden). Het vervolg van het verhaal ontplooit zich in de noordvleugel bij de ingang van het koor: Christus bidt in de Hof van Olijven, Judas’ verraad, Het proces van Christus, Christus’ geseling, De doornenkroning, Pontius Pilatus die het volk vraagt of ze Christus of liever Barabbas willen vrijlaten, De kruisdraging, De kruisiging. Het is beslist geen toeval dat de cycli in het zuiden eindigen met het Laatste Avondmaal, en in het noorden met de kruisiging, twee thema’s die rechtstreeks verband houden met het offer van Christus en die weerklank vinden in de eucharistieviering die als sacramentele herhaling van Christus’ offer plaatsvindt op de secundaire altaren die het einde markeren van de rondgang van de gelovige door het schip. We zouden zelfs kunnen stellen dat deze scènes aansloten bij de spirituele reis die Ignatius aanprees in zijn Geestelijke Oefeningen en die bestaan uit meditaties over ‘de mysteries van het leven van onze Heer’, waarbij de zuidelijke cyclus teruggrijpt op de tweede week van de Geestelijke Oefeningen, en de noordelijke cyclus op de derde week waarin de gelovigen samen met Christus het drama van zijn passie beleven.